离子交换柱有阳离子交换柱和阴离子交换柱。离子交换柱是同种性质的离子的交换。

　　以阴离子交换柱为例，阴离子交换树脂含有的咸性基团可解离出OH-，能和溶液里的阴离子，如和碱性环境中的氨基酸阴离子发生交换而结合在树脂上。

　　离子交换剂是由基质、电荷基团（或功能基团）和反离子构成的，基质与电荷基团以共价键连接，电荷基团与反离子以离子键结合。

　　以阴离子柱为例：离子交换剂的电荷基团带正电，其反离子带负电。若你的样品带负电你就可以选择阴离子柱，在低盐时你的样品被挂在柱子上（即带正电的电荷基团上），当你用高盐洗脱的时候你的样品会被钠离子等替换而被洗脱下来。

　　离子交换是利用不同的蛋白质的带电部分与具有相反电荷的离子交换剂吸附强弱不同，采用不同洗脱强度的流动相．分别将它们洗脱下来。

　　离子交换剂是借酯化、氧化或醚化等化学反应，在纤维素或凝胶分子上引入阳离子或阴离子基团的特殊剂型。当离子交换剂带阳离子基团时，即可吸附阴离子样品，称为阴离子交换剂，如DEAE一纤维素．反之，离子交换剂带阴离子基团时，可吸附阳离子样品．称之为阳离子交换剂，如CM一纤维紊。

　　离子交换剂分离样品时，主要液靠增加缓冲溶液的离子强度或改变酸碱度来进行洗脱。